สถานการณ์การแพร่ระบาดของ COVID-19 ส่งผลกระทบรุนแรงต่อเศรษฐกิจของญี่ปุ่น โดยสำนักข่าว AP รายงานเมื่อ 18 พ.ค.64 ว่า รัฐบาลญี่ปุ่นปรับลดการคาดการณ์อัตราการเติบโตของเศรษฐกิจในปี 2564 ว่าจะหดตัวร้อยละ 5.1 มากกว่าที่คาดไว้ในช่วงไตรมาส 1/2564 ว่า จะหดตัวร้อยละ 4.6 เนื่องจากผลกระทบจากการแพร่ระบาดของ COVID-19 ในญี่ปุ่นและทั่วโลกที่ยังรุนแรง ซึ่งทำให้การบริโภคของครัวเรือนลดลงร้อยละ 5.6 การใช้จ่ายภาครัฐลดลงร้อยละ 6.9 ขณะที่การฉีดวัคซีนให้ประชาชนประสบปัญหาล่าช้า อีกทั้งการขยายเวลาประกาศสถานการณ์ฉุกเฉินยังเพิ่มความเสี่ยงต่อเศรษฐกิจของญี่ปุ่นที่อาจชะลอตัวมากขึ้น นอกจากนี้ หลายฝ่ายยังเรียกร้องให้ญี่ปุ่นยกเลิกจัดการแข่งขันกีฬาโอลิมปิกและพาราลิมปิก ระหว่าง 23 ก.ค.–5 ก.ย.64 เพราะเสี่ยงที่จะเกิดคลัสเตอร์ใหม่หรือการแพร่ระบาดแบบ Super Spreader ในห้วงจัดการแข่งขัน แม้ว่าญี่ปุ่นคาดหวังให้การจัดงานดังกล่าวช่วยสร้างรายได้และเพิ่มการหมุนเวียนของเงินในระบบเศรษฐกิจญี่ปุ่น
