ญี่ปุ่นเป็นมหาอำนาจอีกประเทศหนึ่งที่กัมพูชาเร่งเพิ่มความสมดุล ทั้งด้านการค้า ความมั่นคง และในระดับประชาชน จากที่รุกเข้าใกล้สหรัฐฯ และจีนซึ่งใกล้ชิดกันมากอยู่แล้ว โดยเมื่อปี 2568 มูลค่าการค้าระหว่างกัมพูชา-ญี่ปุ่น มีจำนวน 2,530 ล้านดอลลาร์สหรัฐ เพิ่มขึ้นถึงเกือบร้อยละ 17.1 จากปี 2567 สินค้าที่กัมพูชาส่งออกไปญี่ปุ่น เช่น สิ่งทอ รองเท้า เฟอร์นิเจอร์ ส่วนประกอบอิเล็กทรอนิกส์ และผลิตภัณฑ์ด้านการเกษตร โดยเมื่อปี 2568 ส่งออกไปญี่ปุ่น เพิ่มขึ้น ร้อยละ 11.9 และนำเข้าจากญี่ปุ่น เพิ่มขึ้น ร้อยละ27 โดยกัมพูชาได้เปรียบดุลการค้า ส่วนสินค้าที่ญี่ปุ่นส่งออกไปกัมพูชา เช่น รถยนต์ และเครื่องจักร
กัมพูชายังมีแนวโน้มเพิ่มการนำเข้าจากญี่ปุ่น จากการที่ทั้งสองประเทศเป็น Regional Comprehensive Economic Partnership (RCEP) ได้แก่ อาเซียน 10 ประเทศ กับญี่ปุ่น จีน เกาหลีใต้ ออสเตรเลีย และนิวซีแลนด์ซึ่งปัจจุบันญี่ปุ่นเป็นคู่ค้าอันดับ 5 ของกัมพูชา รองจากจีน สหรัฐฯ เวียดนาม และไทย นอกจากนี้ ญี่ปุ่นยังสนับสนุนให้ภาคอุตสาหกรรมรถยนต์ของกัมพูชาได้มาตรฐานระหว่างประเทศ โดยฝึกเยาวชนกัมพูชาจากวิทยาลัยการอาชีพให้มีความเชี่ยวชาญในเรื่องนี้ด้วยการทำงานร่วมกับบริษัทญี่ปุ่น ซึ่งเมื่อ มกราคม 2569 ฝ่ายญี่ปุ่น ได้แก่ Industrial Technical Institute (ITI) และ Toyota Tsusho Manufacturing (Cambodia) Co., Ltd ได้ลงนามในบันทึกช่วยจำในกรอบ Public-Private Partnership กับกัมพูชา นอกจากนี้ ญี่ปุ่นยังลงทุนในการพัฒนามนุษย์ให้กับเยาวชนกัมพูชาด้วยการจะบรรจุการฝึกทักษะด้านอุตสาหกรรมรถยนต์ในหลักสูตรวิทยาลัยการอาชีพ
ในห้วงมกราคม 2569 ประธาน Japan–Cambodia Association (JCA) ได้พบกับอดีตเอกอัครราชทูตญี่ปุ่นประจำกัมพูชา และเอกอัครราชทูตญี่ปุ่นประจำกัมพูชา ที่ญี่ปุ่น ซึ่งญี่ปุ่นให้คำมั่นว่าจะส่งเสริมความร่วมมือระหว่างกันทั้งในระดับประชาชน วัฒนธรรม และการศึกษา นอกจากนี้ เอกอัครราชทูตญี่ปุ่นประจำกัมพูชาได้กล่าวในงาน “Cambodia-Japan in the New World” ที่จัดโดยกัมพูชาว่า การลงทุนของญี่ปุ่นในกัมพูชาที่มีเกือบ 500 บริษัท จะเพิ่มขึ้น หากความขัดแย้งบริเวณชายแดนไทย-กัมพูชา คลี่คลาย และสามารถกวาดล้างแหล่งสแกมเมอร์ได้ แต่ในชั้นนี้ญี่ปุ่นกำลังพยายามหาทางส่งสินค้าที่จะนำไปลงทุนภาคอุตสาหกรรมจากไทยไปยังกัมพูชา เช่น ผ่าน ลาว เวียดนาม หรือการขนส่งทางทะเล จากที่ชายแดนทั้งสองประเทศยังปิดอยู่
ในมิติความมั่นคง ญี่ปุ่นยังเข้าไปมีบทบาทมากขึ้นในกัมพูชา โดยเมื่อต้นกุมภาพันธ์ 2569 เอกอัครราชทูตญี่ปุ่นประจำกัมพูชา ได้เปิดเผยโครงการที่จะให้ความช่วยเหลือด้านนี้แก่กัมพูชา (Official Security Assistance-OSA) เพิ่มเติมจากปี 2568 ที่ทั้งกัมพูชาและญี่ปุ่นมีความร่วมมือด้านความมั่นคงและด้านการทหารกันอย่างราบรื่น เช่น ได้มีการแลกเปลี่ยนการเยือนของเจ้าหน้าที่ระดับสูงด้านการทหาร รวมทั้งจะร่วมมือจะจัดตั้งโรงเรียนกองทัพบกกัมพูชา นอกจากนี้ ญี่ปุ่นเป็นประเทศที่กัมพูชาเลือกที่จะช่วยปรับภาพลักษณ์ฐานทัพเรือเรียม ด้วยการให้เป็นต่างชาติประเทศแรกที่แวะเทียบท่า หลังจากจีนเสร็จสิ้นฟื้นฟูฐานทัพเรือเรียม
ทั้งนี้ เมื่อ 29 มกราคม 2569 กัมพูชายังจะทำงานร่วมกับญี่ปุ่นจัดทำแผนแม่บทพัฒนาท่าเรือน้ำลึกสีหนุวิลล์ให้เป็นศูนย์กลางการขนส่งและโลจิสติกส์ของภูมิภาค ซึ่งญี่ปุ่นจะสนับสนุนเรื่องการเงิน เทคนิคการพัฒนาโครงสร้างพื้นฐานด้านการขนส่งและโลจิสติกส์ โดยคณะกรรมการร่วมประสานงาน (Joint Coordinating Committee-JCC) ระหว่างกัมพูชากับญี่ปุ่นจะขับเคลื่อนโครงการนี้ นอกจากนี้ ในปี 2569 แนวโน้มความร่วมมือระหว่างญี่ปุ่นและกัมพูชาจะเพิ่มขึ้น จากความสัมพันธ์ทางการทูตที่ครบรอบ 73 ปี และญี่ปุ่นจะสนับสนุนกัมพูชาอย่างเต็มที่ให้เป็นประเทศรายได้ประเทศปานกลางระดับบน (upper-middle-income) ภายในปี 2573
