ความสัมพันธ์ระหว่างเมียนมากับติมอร์-เลสเต ไม่ราบรื่นและอาจตึงเครียดขึ้น รวมทั้งอาจกระทบต่อความเป็นหนึ่งเดียวของอาเซียน จากความขัดแย้งระหว่างเมียนมากับติมอร์-เลสเต หลังจากมีรายงานเมื่อ 16 กุมภาพันธ์ 2569 ว่า รัฐบาลเมียนมาสั่งขับนายเอลิซิโอ โด โรซาริโอ เดอ ซูซา อุปทูตรักษาการสถานเอกอัครราชทูตติมอร์-เลสเต ประจำเมียนมา ให้เดินทางออกจากเมียนมาภายใน 20 กุมภาพันธ์ 2569 เพื่อเป็นมาตรการตอบโต้ติมอร์-เลสเต ที่ให้ความร่วมมือกับกลุ่มองค์กรสิทธิมนุษยชนแห่งชนชาติชิน (Chin Human Rights Organization-CHRO) ยื่นฟ้องร้องกองทัพเมียนมาในข้อหาก่ออาชญากรรรมสงคราม และก่ออาชญากรรมต่อมนุษยชาติ ซึ่งเมียนมามีมุมมองว่าติมอร์-เลสเตแทรกแซงกิจการภายใน เนื่องจากเนื้อหาการฟ้องร้องดังกล่าวพาดพิงถึงเจ้าหน้าที่ระดับสูงในกองทัพเมียนมาจำนวน 10 คน รวมทั้งพลเอกอาวุโสมินอ่องไลง์ ผู้นำสูงสุดของเมียนมาด้วย
กลุ่มองค์กร Chin Human Rights Organization (CHRO) เป็นองค์กรชาวคริสต์ในรัฐชิน เลือกร่วมมือกับองค์กร Myanmar Accountability Project (MAP) ที่ปกป้องสิทธิมนุษยชนชาวเมียนมาและชนกลุ่มน้อยในเมียนมาอื่น ๆ และบริษัทด้านกฎหมายของติมอร์-เลสเต ชื่อ บริษัท Da Silva Teixeira & Associados Lda. ดำเนินการยื่นฟ้องร้องสมาชิกและกองทัพเมียนมาต่อศาลติมอร์-เลสเต เพราะเชื่อว่าเป็นศาลอิสระ มีระบบกฎหมายที่เป็นสากล นอกจากนี้ ติมอร์-เลสเตมีประสบการณ์ร่วมด้านการต่อต้านเผด็จการเหมือนชนกลุ่มน้อยในเมียนมา จึงมีแนวโน้มจะเข้าใจปัญหาในเมียนมามากที่สุด ทั้งนี้ องค์กรดังกล่าวยื่นฟ้องร้องตั้งแต่ 12 มกราคม 2569 และมีรายงานว่าติมอร์-เลสเตรับพิจารณาคดีดังกล่าวเมื่อ 26 มกราคม 2569
องค์กร CHRO เคยยื่นคดีดังกล่าวให้ศาลฟิลิปปินส์พิจารณาเมื่อปี 2566 แต่ไม่สำเร็จ เนื่องจากศาลฟิลิปปินส์ปฏิเสธ ด้านเมียนมาเตือนติมอร์-เลสเตให้ยุติความพยายามแทรกแซงสถานการณ์ พร้อมย้ำว่าบทบาทของติอมร์-เลสเตจะเป็นอุปสรรคต่อการดำเนินงานของอาเซียน
เมียนมาใช้กรณีดังกล่าวเตือนให้นักการทูตจากประเทศอื่น ๆ ระมัดระวังความเคลื่อนไหว และกรณีนี้อาจส่งผลกระทบต่อความสัมพันธ์ระหว่างประเทศ รวมทั้งความมั่นคงของภูมิภาคในระยะยาว และการเป็นหนึ่งเดียวของอาเซียน ซึ่งติมอร์-เลสเตเข้าเป็นสมาชิกอย่างเป็นทางการแล้วเมื่อ ตุลาคม 2568 ก่อนหน้านี้ เมียนมาหวาดระแวงและไม่พอใจบทบาทของติมอร์-เลสเตอยู่แล้ว เพราะมีการติดต่อและเจรจากับกลุ่มเคลื่อนไหวทางการเมืองที่ต้องการลดอำนาจกองทัพในเมียนมา เฉพาะอย่างยิ่งรัฐบาลเอกภาพ หรือ National Unity Government (NUG) ที่เคลื่อนไหวในต่างประเทศ
