จีนกับฟิลิปปินส์ยังคงมีประเด็นขัดแย้งกันเกี่ยวกับความเคลื่อนไหวในพื้นที่พิพาทในทะเลจีนใต้ ทั้งความเคลื่อนไหวด้านการทหารและความเคลื่อนไหวอื่น ๆ โดยเมื่อ 14 เมษายน 2569 โฆษกกองทัพเรือฟิลิปปินส์เปิดเผยว่า กองทัพเรือตรวจพบขวดบรรจุสารไซยาไนด์ที่มีพิษสูง บนเรือประมงของจีนที่รุกล้ำน่านน้ำของฟิลิปปินส์ บริเวณแนวปะการัง Thomas Shoal ที่ 2 และแนวปะการัง Ayungin เมื่อปี 2568 การตรวจพบขวดบรรจุสารไซยาไนด์ดังกล่าว รวมทั้งมีรายงานว่าเรือประมงจีนลักลอบปล่อยสารไซยาไนต์ลงทะเล บ่งชี้ว่า เรือประมงจีนอาจพยายามบ่อนทำลายความมั่นคงและความอุดมสมบูรณ์ทางระบบนิเวศในทะเล และอาจต้องการใช้สารดังกล่าวทำลายเรือรบของฟิลิปปินส์ที่ประจำการหรือตรวจการในพื้นที่
การใช้สารไซยาไนด์ในอุตสาหกรรมประมง เป็นวิธีการที่ชาวประมงใช้เพื่อจับปลาและปะการัง ปัจจุบันฟิลิปปินส์กำหนดให้เป็นการทำประมงที่ผิดกฎหมาย เนื่องจากส่งผลเสียระยะยาวต่อระบบนิเวศทางทะเล
โฆษกกระทรวงการต่างประเทศจีนปฏิเสธข้อกล่าวหา พร้อมระบุว่าหลักฐานของฟิลิปปินส์ไม่น่าเชื่อถือ และโจมตีฟิลิปปินส์ว่าเป็นฝ่ายใช้อำนาจเกินขอบเขตเข้าไปตรวจและควบคุมเรือประมงของจีน ทั้งที่เข้าไปทำประมงอย่างถูกต้องตามกฎหมาย สำหรับพื้นที่พิพาททางทะเลดังกล่าว อยู่ในเขตเศรษฐกิจจำเพาะของฟิลิปปินส์ และห่างจากจีนประมาณ 1,300 กิโลเมตร เป็นพื้นที่พิพาทที่จีนกับฟิลิปปินส์ตอบโต้กันบ่อยครั้ง แม้ว่ารัฐบาลของทั้ง 2 ฝ่ายจะพบหารือกันอย่างต่อเนื่องเพื่อกำหนดขั้นตอนที่จะนำไปสู่การใช้ประโยชน์ในพื้นที่พิพาทร่วมกัน เพราะคาดว่าพื้นที่ดังกล่าวมีทรัพยากรธรรมชาติที่สำคัญ โดยเฉพาะน้ำมันและก๊าซธรรมชาติ
เหตุการณ์ครั้งนี้อาจเป็นแรงกระตุ้นให้ฟิลิปปินส์ปฏิบัติการลาดตระเวนทางทะเลมากขึ้น โดยเฉพาะในพื้นที่พิพาทกับจีน เพื่อป้องกันและเฝ้าระวังความเคลื่อนไหวของจีน รวมทั้งประเทศอื่น ๆ ที่อาจรุกล้ำน่านน้ำของฟิลิปปินส์ ตลอดจนอาจเพิ่มความร่วมมือในการลาดตระเวนทางทะเลเพื่อเสริมสร้างความมั่นคง เช่น การลาดตระเวนหรือฝึกรบร่วมกับสหรัฐฯ ออสเตรเลีย ญี่ปุ่น และฝรั่งเศส ซึ่งใน 20 เมษายน 2569 ฟิลิปปินส์จะฝึกร่วมรหัส Balikatan กับสหรัฐฯ ด้วย นอกจากนี้ ฟิลิปปินส์อาจใช้ข้อมูลนี้เพิ่มแรงกดดันจีนทางการทูต โดยมีรายงานว่ากระทรวงการต่างประเทศฟิลิปปินส์จะใช้กรณีดังกล่าวประท้วงจีน ซึ่งจะมีผลกระทบต่อบรรยากาศความสัมพันธ์ระหว่างฟิลิปปินส์กับจีน
