อาชญากรรมข้ามแดนบริเวณชายแดนไทย-มาเลเซียยังคงเป็นปัญหาของทั้งสองประเทศ เนื่องจากยังมีปัญหาทั้งการลักลอบค้ายาเสพติด การลักลอบเข้าเมืองที่ผิดกฎหมาย และการค้ามนุษย์ ซึ่งปัญหาเหล่านี้ กระทบต่อเศรษฐกิจและสังคมของทั้งสองประเทศ นอกจากนี้ ชายแดนไทย-มาเลเซียยังเป็นทางผ่านของอาชญากรรมข้ามชาติ เฉพาะอย่างยิ่งการค้ามนุษย์ ซึ่งเมื่อ ปลายเมษายน 2569 มีรายงานของสำนักงานตรวจคนเข้าเมืองของมาเลเซียที่ทำการกวาดล้างเครือข่ายค้ามนุษย์แรงงานชาวอินโดนีเซียที่ใช้ไทยและสิงคโปร์เป็นทางผ่านเพื่อลักลอบเข้ามาเลเซีย
ลักษณะสำคัญของอาชญากรรมข้ามแดนที่สำคัญ และเห็นได้ชัด คือ มีการปรับเปลี่ยนรูปแบบการดำเนินการ เป็นวิธีการที่ซับซ้อนมากขึ้น เช่น มีรายงานเมื่อต้น กรกฎาคม 2569 ว่า ตำรวจชายแดนมาเลเซียพบว่า เครือข่ายการค้ามนุษย์ที่เคลื่อนไหวบริเวณชายแดนไทย-มาเลเซียใช้วิธีการนำพาแรงงานผิดกฎหมาย ซึ่งส่วนใหญ่เป็นชาวเมียนมา โดยในแต่ละครั้ง นำพาจำนวนน้อย ๆ ประมาณ 2-4 คน จากเดิม ประมาณ 10-20 คน โดยลักลอบข้ามแดนผ่านช่องทางธรรมชาติ และท่าข้ามผิดกฎหมายตามแนวแม่น้ำโก-ลก เฉพาะอย่างยิ่งพื้นที่ อำเภอตากใบ จังหวัดนราธิวาส และตำบลรันเตาปันยัง รัฐกลันตัน เพื่อเดินทางเข้าเมืองโดยรถ
นอกจากนี้ เจ้าหน้าที่ของมาเลเซียยังตรวจพบรูปแบบการปฏิบัติการของเครือข่ายค้ามนุษย์ที่ใช้ช่องทางชายแดนไทย-รัฐกลันตันใช้ว่า พยายามหลบเลี่ยงการตรวจจับของเจ้าหน้าที่ ด้วยการใช้คนท้องถิ่นที่เป็นสตรีมากขึ้นในการเป็นผู้นำทาง หรือนำพาเหยื่อ และผู้บัญชาการตำรวจรัฐเกดะห์ มาเลเซีย เปิดเผยเมื่อ 21 กรกฎาคม 2569 ว่า มีการชักชวนชาวบ้านในพื้นที่ที่ไม่เคยมีประวัติอาชญากรรมสนับสนุนการทำงานที่ผิดกฎหมาย และใช้เทคโนโลยีมาใช้ด้วยการติดต่อกับชาวบ้านผ่านสื่อสังคมออนไลน์ เช่น ใช้รถยนต์ของชาวบ้านในการขนย้ายน้ำมันเชื้อเพลิง และแรงงานผิดกฎหมาย
รายงานข้อมูลของตำรวจของรัฐเกดะห์ มาเลเซียระบุว่าในห้วง 6 เดือนแรก (มกราคม-มิถุนายน) ของปี 2569 การจับกุมจำนวนผู้ที่เกี่ยวข้องกับการลักลอบการค้ามนุษย์บริเวณชายแดนไทย-มาเลเซีย ถึง 256 ราย ซึ่งเพิ่มขึ้น ร้อยละ 18.5 เมื่อเที่ยบกับห้วงเดียวกันของปี 2568 ซึ่งสะท้อนแนวโน้มการลักลอบไปยังมาเลเซียบริเวณดังกล่าวเพิ่มขึ้น และมีการใช้หลายช่องทาง ซึ่งทางมาเลเซียจะมีการตรวจสอบอย่างเข้มข้นมากขึ้น
